主要都市有：长崎市——长崎县的首府，因与中国和荷兰的海外交流，城市中保留着许多的历史遗迹，酝酿出独特的异国情调。云仙市——拥有雄伟自然景观的普贤岳和云仙地狱，云仙天草国立公园是日本最早被指定的国立公园。岛原市——位于长崎县岛原半岛东部，面对岛原湾。因“水都”而闻名，被评为“名水百选”之一，市内有约60处涌泉。佐世保市——长崎县的第二大城市，保原是一个渔村，位于九州岛西北角，拥有日本2大代表性休闲圣地“豪斯登堡”和“西海国立公园九十九岛”。