济州特别自治道的历史可以追溯到石器时代。通过对遗跡的发掘可知，当时的人们在洞穴或岩窟中居住，并发现有打制石器、磨制石器等遗物，还出土了青铜器、铁器时代的遗物。支石墓、磨制石器、土器、瓮棺墓等散布于岛内四处，是研究济州历史起源的重要资料。

济州的古名有岛夷、东瀛州、涉罗、耽牟罗、托罗等，这些名称中，除了"东瀛州"以外，都是"岛国"的意思。根据济州特别自治道流传的神话，太古时期，有高乙那、良乙那、夫乙那三位神人从汉拿山北边毛兴穴(即三姓穴)地下冒出，身穿兽皮衣，以打猎为生。后有碧浪国三公主，携带五谷种子以及牛马前来与三位神人共结连理，以后开始了种植五谷、畜养牛马的生活。

后来，高乙那的15世孙三兄弟向新罗王朝朝贡，并以耽罗为国号。根据历史记载，耽罗国与当时韩半岛的三国高句丽、百济、新罗都有保持着外交关系。1105年耽罗设郡，成为高丽的直属行政单位，但王子仍然维持原来的地位，实际统治耽罗。